万年中等专业学校对于违纪学生的处理，会根据违纪程度采取不同措施。轻微的违纪行为会先由班主任或相关教师进行严肃警告并辅导改正。严重违纪的行为会进行调查并记录在案，依据学校规章制度进行相应的处罚，如警告、记过、甚至开除学籍等。学校强调教育为主，惩罚为辅，旨在引导学生认识错误并改正。同时，学校也重视与学生的沟通交流，努力了解学生违纪背后的原因，从而进行针对性的引导与教育。